EM은 인간, 동식물, 토양에 유용한 여러 종류의 미생물이 인위적으로 상호 공생하면서 고차적인 관계를 형성하도록 하여 기능을 안정화시킴으로써 안정적으로 기능을 발휘하도록 한 것이다. 미생물 상호간에는 서로 필요로 하는 물질을 분비한다.

EM은 광합성세균을 중심으로 한다. 광합성세균은 지구상에 널리 분포하고 태양에너지를 이용하여 광합성을 수행하고 또 질소고정을 한다. 특히 혐기성인 광합성세균이 호기성인 아조토박터와 공생관계를 형성하여 질소고정 능력을 크게 높이는 것이 확인되었다. 자연환경에 있어 다면적인 기능, 즉 탄소동화와 그 역인 탈탄산 기능, 질소 고정과 그 역의 탈질, 황화물의 산화·환원 등에 관계하는 광합성세균은 지구상의 탄소 질소, 유황의 순환에 큰 역할을 수행하고 그 역할은 식량과 에너지의 생산, 각종 환경 악화와 공해문제의 해결에 크게 기여한다

EM은 기존의 호기성 발효 및 혐기성 분해가 아닌 혐기성 발효를 함에 따라 많은 에너지 손실 없이 유효 이용을 가능하게 한다. 호기성 호흡과정에서는 유기화합물질이 CO2 , 물 등으로 분해되며, 호기성 분해 과정에서는 유기물이 CO2 , 물 및 메탄, 황화수소 등으로 분해되면서 악취를 발생하는데 이들 두 과정에서는 높은 에너지를 방출한다. 이에 비하여 김치를 담그거나 야쿠르트를 만드는 등의 혐기성 발효과정에서는 에너지양은 많지 않으며 메탄가스, 황화수소 등이 발생하지 않으므로 악취가 나지 않는다. 이를 환경보전적 측면에서 보면 유기무로부터 폐기물을 적게 발생시키면서( ‘열역학 제2법칙’에 의한 에너지 손실의 최소화) 재이용하는 것을 의미한다.